目錄 前言 第一章 生態(tài)學數(shù)據(jù)收集 1 第一節(jié) 樣方設置 1 一？主觀取樣 1 二？客觀取樣 1 第二節(jié) 樣方形狀？大小和數(shù)目 2 一？樣方的形狀 2 二？樣方的大小 3 三？樣方的數(shù)目 3 第三節(jié) 無樣地取樣法 4 第二章 群落數(shù)量和環(huán)境特征 6 第一節(jié) 群落的數(shù)量特征 6 一？多度 6 二？密度 6 三？蓋度 7 四？頻度 8 五？高度 8 六？生物量和產(chǎn)量 8 七？優(yōu)勢度和生態(tài)重要值 8 八？生活型 8 九？種—面積曲線和群落最小面積 9 第二節(jié) 環(huán)境特征 9 一？氣候數(shù)據(jù) 9 二？地形數(shù)據(jù) 10 三？土壤數(shù)據(jù) 10 四？水體環(huán)境 10 五？生物因子數(shù)據(jù) 11 第三章 數(shù)據(jù)準備 12 第一節(jié) 數(shù)據(jù)的類型 12 一？名稱數(shù)據(jù) 12 二？順序性數(shù)據(jù) 12 三？數(shù)量數(shù)據(jù) 13 四？數(shù)據(jù)矩陣 13 第二節(jié) 數(shù)據(jù)預處理 14 一？數(shù)據(jù)簡縮 14 二？數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換 14 三？數(shù)據(jù)標準化 14 第三節(jié) QBASIC編程 17 第四章 回歸分析 25 第一節(jié) 應用CurveExpert進行函數(shù)擬合 25 一？CurveExpert軟件簡介 25 二？操作步驟 25 第二節(jié) 應用SPSS進行曲線擬合 29 第三節(jié) 運用Excel電子表格進行變量關系擬合 31 第四節(jié) 多元線性回歸 31 第五章 多樣性指數(shù)計算 34 第一節(jié) 生物多樣性概述 34 第二節(jié) 遺傳多樣性 34 一？取樣方法 34 二？遺傳多樣性標記介紹 35 三？分子數(shù)據(jù)分析方法 37 四？應用Popgen32計算群體遺傳多樣性和分化 40 第三節(jié) 物種多樣性 45 一？物種多樣性的概念 45 二？α物種多樣性計算公式 45 三？β物種多樣性計算公式 48 四？物種多樣性的計算程序和軟件 48 第六章 種間關系分析 52 第一節(jié) 相關分析 52 一？連續(xù)數(shù)據(jù)的相關性分析 52 二？二元數(shù)據(jù)的雙系列相關系數(shù) 52 第二節(jié) 種間關聯(lián) 53 第三節(jié) 種間相關 54 一？Pearson相關系數(shù) 54 二？Spearman秩相關系數(shù) 56 三？應用SPSS計算Pearson和Spearman秩相關系數(shù) 57 四？應用PAST計算Pearson相關系數(shù)和Spearman秩相關系數(shù) 58 五？應用QBASIC程序計算變量之間的相關性 59 第七章 生態(tài)位 61 第一節(jié) 生態(tài)位概念 61 第二節(jié) 生態(tài)位指數(shù)計算 61 一？生態(tài)位寬度 61 二？生態(tài)位重疊值 63 第八章 空間格局分析 90 第一節(jié) 空間格局的概念 90 第二節(jié) 分布格局類型的判定方法 90 一？方差均值比 91 二？χ2檢驗 91 三？ψ檢驗 92 四？Morisita指數(shù) 93 五？犆犃擴散指數(shù) 93 六？平均擁擠度 93 第三節(jié) 格局分析方法 95 一？單種格局規(guī)模分析 95 二？種群分布格局的斑塊間隙？斑塊大小分析 100 第九章 群落數(shù)量分類方法 103 第一節(jié) 分類的目的和意義 103 第二節(jié) 相似系數(shù)和相異系數(shù) 103 一？僅適合二元數(shù)據(jù)的相似關系 103 二？適用于二元數(shù)據(jù)和數(shù)量數(shù)據(jù)的相似關系 106 第三節(jié) 等級聚類方法 108 一？等級聚類的一般步驟108 二？應用PCORD軟件進行聚類分析 112 三？應用PAST軟件進行聚類分析 117 四？應用SPSS進行聚類分析 118 第四節(jié) 等級劃分法 120 一？單元劃分法 120 二？雙向指示種分析法 122 第五節(jié) 非等級分類方法 125 一？相似分類法 125 二？相異分類法 125 三？圖論聚類法 126 第十章 排序 129 第一節(jié) 排序概述 129 第二節(jié) 極點排序 130 一？方法簡介 130 二？應用PCORD進行極點排序 133 第三節(jié) 主成分分析 137 一？主成分分析概述 137 二？主成分分析的原理 137 三？計算步驟 139 四？應用SPSS11.0進行主成分分析 142 五？應用PAST2.17進行主成分分析 144 六？應用PCORD進行主成分分析 147 第四節(jié) 主坐標排序 149 一？方法介紹 149 二？應用PAST進行主坐標排序 150 第五節(jié) 對應分析和除趨勢對應分析 151 一？對應分析 151 二？除趨勢對應分析 154 三？應用PAST進行對應分析和除趨勢對應分析 156 四？應用PCORD進行對應分析和除趨勢對應分析 158 第六節(jié) 典范對應分析和除趨勢典范對應分析 160 一？典范對應分析 160 二？除趨勢典范對應分析 165 三？應用PAST進行典范對應分析 165 四？應用Canoco進行典范對應分析和除趨勢典范對應分析 167 五？應用PCORD進行典范對應分析和除趨勢典范對應分析 172 第七節(jié) 無度量多維標定排序 174 一？方法 174 二？應用PAST和PCORD進行無度量多維標定排序 175 第十一章 生理生態(tài)學中數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析 176 第一節(jié) 單因素方差分析 176 第二節(jié) 雙因素方差分析 180 第三節(jié) 獨立樣本狋檢驗和成對樣本狋檢驗 182 一？獨立樣本狋檢驗 182 二？成對樣本狋檢驗 183 第四節(jié) 重復測量數(shù)據(jù)的方差分析 184 第五節(jié) 實驗結果的圖表形式 188 一？三線表 188 二？應用Excel作圖的技巧 189 第十二章 應用犚語言進行生態(tài)數(shù)據(jù)分析 193 第一節(jié) R語言簡介 193 一？R語言的下載和安裝 193 二？R程序的一般運行方法 195 三？R語言中的基本語句 197 四？R語言中重要的生態(tài)與環(huán)境統(tǒng)計學程序包 204 第二節(jié) 數(shù)據(jù)標準化程序 204 第三節(jié) 二元數(shù)據(jù)的相似系數(shù)矩陣程序 206 第四節(jié) 圖解相關系數(shù)矩陣的程序 208 一？程序 208 二？運算結果 208 第五節(jié) 用R語言計算物種多樣性指數(shù) 211 一？α多樣性的計算 211 生態(tài)學數(shù)據(jù)分析———方法？程序與軟件 二？β多樣性計算程序 211 第六節(jié) 應用R語言進行數(shù)量分類 214 一？建立相異系數(shù)矩陣的程序 214 二？構建聚類樹的程序 214 三？圓形聚類樹狀圖的方法 216 四？聚類和熱圖的構建方法 218 五？最小生成樹 220 第七節(jié) 應用R語言進行多元回歸樹構建 223 第八節(jié) 犆均值模糊聚類分析 225 第九節(jié) 應用R語言進行生態(tài)位分析 228 第十節(jié) 應用R語言進行排序分析 229 一？排序程序 229 二？組合聚類和排序的方法 234 三？典范對應分析？對應分析？除趨勢對應分析和約束排序分析程序 237 四？非度量多維標定 240 五？偏約束排序分析 242 第十一節(jié) R語言在構建決策樹模型中的應用 244 第十二節(jié) 應用R語言繪制圖形的方法介紹 248 一？基本作圖語句 248 二？用R語言生成熱圖 251 三？排序二維散點圖 252 四？排序的三維散點圖 255 參考文獻 258 有關軟件的參考文獻 260